Abordar la historia de La Merced únicamente desde 1964, año en que adquiere estatus oficial de parroquia, sería un error que lesionaría su pasado milenario, pues puede rastrearse hasta épocas remotas, junto con la parroquia de Alangasí, de la cual formó parte hasta mediados del siglo XX. Sus orígenes se remontan al período precerámico o paleoindio, es decir, hace más de 10.000 años. Su historia se inicia cuando, en el paleoindio (10.000 a.C.), se producen los primeros asentamientos de grupos nómadas llegados del norte a las estribaciones de la cordillera central, específicamente en la zona comprendida entre el Ilaló y El Inga, dentro de lo que hoy es la parroquia La Merced.

Las investigaciones actuales sugieren que el territorio ecuatoriano se pobló paulatinamente a través del Callejón Interandino, durante el retroceso de los glaciares de la última glaciación. Amplios bosques cubrían los valles y ofrecían múltiples recursos a los recién llegados, quienes encontraron en este sitio (El Inga – La Merced) una rica diversidad de animales, como perezosos, llamas, armadillos gigantes, caballos, osos, ciervos, camélidos y posiblemente mastodontes. Además, hallaron abundancia de frutos y plantas comestibles.

Los asentamientos paleoindios de El Inga datan, según los investigadores más conservadores, de al menos 10.000 años antes de nuestra era, aunque algunos aseguran que podrían remontarse hasta 25.000 años atrás, lo cual implicaría que sus habitantes convivieron con los últimos ejemplares de la megafauna del Pleistoceno.

Este valle fue elegido por estas avanzadas humanas por cinco razones muy claras:

• Altitud y clima benignos, con diversos nichos ecológicos.
• Sitio relativamente plano, libre de páramo.
• Conexión fácil con otros nichos ecológicos necesarios para su supervivencia.
• Acceso al valle amazónico.
• Abundancia de materiales líticos para la fabricación de herramientas y armas.

Tras la conquista, los incas articularon estos territorios a su estructura estatal, respetando a los mantayas, señores de los bulus. Se fundaron los asentamientos de Hanan Chillo (Amaguaña) y Urin Chillo (Sangolquí), y se construyeron fortalezas en Pintag. Los ayllus, antes bulus, se integraron a través del camino del Inca, cuyo ramal atravesaba Pishingalli, Conocoto, Ushimana y Alangasí.

Durante la ocupación inca se establecieron mitimaes, redes comerciales, tambos, caminos, encomiendas pecuarias y agrícolas. Se introdujeron nombres en lengua quichua (como Cashachupa, Urcuhuaycu, Urpichupa, Cachihuaycu, Jatunguangal), se difundió la lengua incaica y se respetó la estructura social de los señores étnicos locales, quienes se integraron por lazos matrimoniales con mitimaes, yanaconas y kamayuccunas.

Las encomiendas eran grandes extensiones de tierra con sus respectivos indígenas, quienes seguían siendo considerados propietarios, pero debían tributar al encomendero con trabajo y productos. Esta institución estaba regulada por el Consejo de Indias y no podía heredarse indefinidamente, por lo que eventualmente muchas pasaron a manos de congregaciones religiosas, como los jesuitas. Por ejemplo, las tierras de la encomienda de Don Rodrigo Núñez de Bonilla, en Alangasí y Pintag, pasaron a ser regentadas por los jesuitas, mientras que Don Juan Sarmiento fue encomendero de Alangasí, Uyumbicho, Amaguaña, Sangolquí y Conocoto.

Las órdenes religiosas llegaron a poseer hasta el 60 % del suelo del valle. La colonia también aplicó las llamadas mercedes de tierras, adjudicadas por la Corona a notables que hubieran prestado servicios a la colonia. Las primeras se otorgaron en julio de 1535, y hacia 1536 se expandieron a Los Chillos, Cotocollao, Zámbiza, Pifo y Machachi. Con el tiempo, las tierras indígenas desaparecieron, pasando íntegramente a manos españolas hacia finales del siglo XVII.

En 1832 se produjeron cambios administrativos que afectaron a Alangasí y a La Merced. La orden de los dominicos declaró parroquia eclesiástica a Alangasí con el nombre de “Pueblo Angélico de Santo Tomás de Alangasí”, aunque su fundación civil ocurrió el 2 de febrero de 1860.

Por su parte, Sangolquí se deslindó como cantón independiente de Quito, y algunas de sus parroquias rurales quedaron adscritas a ella, rompiendo la unidad territorial ancestral de bulus, ayllus y señoríos, lo que ha generado divisiones hasta la actualidad.